הספינה ממעגן מיכאל במוזיאון הכטלא ידוע מתי הפליג האדם בפעם הראשונה בים התיכון, אך נראה שהתרחשות זו אירעה לפני עשרות ואולי אף לפני מאות אלפי שנים, באמצעות גזעי עצים, או בדוברות קנים. 
כלי השיט העתיק ביותר, שנבנה מחלקי עצים, הידוע היום, הוא הספינה המלכותית של המלך פרעה חופו (2650 לפסה"נ), שחלקיה נמצאו בפירמידה בגיזה. הספינה נבנתה בשיטה המכוּנה "ציפוי קודם", שבה גוף הספינה, הציפוי, נבנה תחילה, וחיזוקי הרוחב הצלעות, הותקנו לאחר מכן. חלקי הספינה של חופו חוברו זה לזה בכפיסי עץ, שהוכנסו למגרעות מתאימות בלוחות סמוכים ובחבלים.

הספינה בתצוגה במבט מלמעלה

לאחר השלמת חפירתה של הספינה ואתרה, והוצאת כל הממצאים, פורק גוף העץ לחלקים, ואלה נשלו מן הים זה אחר זה על גבי מנשאים מיוחדים. הוצאו כמה אלפי פריטים, במגוון גדלים, מסנטימטרים בודדים עד לשדרית, שאורכה 8.26 מ'.

צוללנים באתר גילוי הספינה במעגן מיכאלהספינה התגלתה באוגוסט 1985 בידי אמי אשל, חבר קיבוץ מעגן מיכאל, בעת שצלל במרחק של כ־70 מטר מהחוף. התברר שמצבור האבנים, כלי החרס והעץ, שבהם הבחין הצולל בעומק של כשני מטרים, שייכים לספינה עתיקה. בדיקות פחמן 14 וממצא כלי החרס תארכו את הספינה לשלהי המאה הה' לפסה"נ (400 לפסה"נ בקירוב).

הובלת דגם הספינה העתיקה ממעגן מיכאלאחד הכלים להרחבת ידיעותינו על ספנות בעת העתיקה ולהבנת שיטות הבנייה של כלי שיט קדומים, הוא בניית רפליקה. במהלך תהליך הבנייה, המשחזרת במדויק את הספינה המקורית בקנה מידה של 1:1, נלמדים לעומק מאפיינים שונים של שיטת בניית הספינה העתיקה.

הוצאת עוגן הספינה

אבנים וסלעים במשקל כולל של כ־12.5 טונות נמצאו במהלך החפירה, מרביתם מסוג צִפחה כחולה, ומיעוטם ממקור וולקני וגיר. נראה כי הצפחה הייתה המטען שנשאה הספינה; הצפחה שימשה ליצירת כלי נוי ולבניית גגות ורצפות. מקור הצפחה זוהה באי היווני אוויה (מצפון־מזרח לאתונה).

מפת נתיבי שייט פניקיים, האלף הראשון לפסה"נהנתונים האקלימיים של הים התיכון – שהוא ים סגור, מוקף יבשות וזרוע באיים – והצרכים הכלכליים של האוכלוסיות שחיו לחופיו הכתיבו את עונות ההפלגות ואת התגבשות נתיבי השייט. נראה שכבר בתקופות פרהיסטוריות נבנו כלי שייט שהפליגו בים הפתוח, למשל בין איי הים האגאי או שחצו את מְצָר גיברלטר.