הובלת דגם הספינה העתיקה ממעגן מיכאלאחד הכלים להרחבת ידיעותינו על ספנות בעת העתיקה ולהבנת שיטות הבנייה של כלי שיט קדומים, הוא בניית רפליקה. במהלך תהליך הבנייה, המשחזרת במדויק את הספינה המקורית בקנה מידה של 1:1, נלמדים לעומק מאפיינים שונים של שיטת בניית הספינה העתיקה.
מניסיון של בניית רפליקות בעולם עולה, שזו הדרך הטובה ביותר לרדת לעומקם של הפרטים הנעלמים בתהליך בנייתה של הספינה המקורית. כך נעשה ביוון כשבנו רפליקה של הספינה מקירניה, המתוארכת למאה הד' לפסה"נ. הספינה המשוחזרת הפליגה הפלגות אחדות בים התיכון, ובהפלגות אלה נבדקו יכולות השיט והתמרון. ברוסקילדה שבדנמרק, במרכז מחקר לארכאולוגיה ימית, המתמקד בחקר ספינות הוויקינגים, נבנו כמה רפליקות, ומשיטים אותן מדי שנה בשנה בפיורד של רוסקילדה. מקצתן אף חצו את האוקיאנוס האטלנטי, כפי שעשו הוויקינגים.
המטרה היא לבנות ספינה חדשה, נאמנה לספינה המקורית שהתגלתה מול חוף מעגן מיכאל. העץ יהיה מאותם סוגים שמהם נבנתה הספינה העתיקה, וכלי העבודה יהיו דומים לאלה שהיו ברשותו של הנגר בן המאה הה' לפסה"נ. הבנייה תיעשה בידי סטודנטים של החוג לציוויליזציות ימיות באוניברסיטת חיפה, והם ייעזרו בנגרים מקצועיים.
עם סיום הבנייה, שתסייע לפתור חלק מהחידות הנוגעות לאופן בניית הספינה ופעולות נגריה, תפליג הספינה המשוחזרת ברחבי הים התיכון. על סיפונה יהיו חוקרים וסטודנטים שיעסקו בלימוד ההיסטוריה של הספנות וההיסטוריה של הים התיכון, יערכו ניסויים מדעיים כדי ללמוד על כושר השיט ועלאפשרויות ההפלגה של כלי שיט עתיקים דומים, ואגב כך הם גם יהיו שגרירים של רצון טוב ושלום.