צוללנים אוחזים בחלק מהספינהארכאולוגיה ימית היא תחום מחקר המתמקד בחקר השרידים בחוף ובים, המעידים על פעילות האדם בעבר, הקשורה ישירות לים, כמו נמלים, יישובים טבועים, כלי שיט, בריכות דגים, בריכות מלח ותעשיית הארגמן.
החפירות התת־ימיות התפתחו בעקבות המצאתם של מתקני צלילה בשלהי מלחמת העולם השנייה, ועם הפיכתה של הצלילה לנגישה לכול. חפירה בים מציבה אתגר מיוחד בשל הבעיות הטכניות הקשורות בהפעלת ציוד וצוללים במים, ובשל היות הים גורם דינאמי ומשתנה. בעיה זו בולטת בייחוד בחפירה קרוב לחוף, שבה נדרש לעבוד רק בים שקט לחלוטין, וגם אז משטר הזרמים גורם לחול לכסות את האתר מחדש. עם חלוף השנים ועם הניסיון הרב שהצטבר מעבודת משלחות חפירה רבות במחקר תת־ימי (בצרפת, באיטליה, בסקנדינביה, בתורכיה ביוון ובישראל), הומצאה השיטה הנהוגה גם היום, והיא חפירה באמצעות Air-lift – מכשיר שאיבה בעזרת אוויר דחוס, או Dredger – מכשיר שאיבה בעזרת זרם מים. בעזרת שני המכשירים אפשר לפנות את החול למרחק ולחשוף את ממצאי החפירה.
ראשון החוקרים בארץ בתחום זה הוא ד"ר אלישע לינדר, אשר ייסד בראשית שנות השישים של המאה הכ' את "האגודה לארכאולוגיה תת־ימית". זו ערכה סקרים וחפירות בכמה אתרים תת־ימיים בים התיכון ובים סוף. על יסודות עמותה זו הוקמו בשנת 1972 החוג לציוויליזציות ימיות והמכון ללימודי־ים באוניברסיטת חיפה, העוסקים עד היום במחקר ובהוראה בתחום הארכאולוגיה הימית – החופית והתת־ימית.